Mübadele her iki ülkenin de işine geldiğinden, kolaylıkla uzlaşmaya varıldı. Diğer tüm alanlarda sıkışan Lozan Konferansı sırasında, 30 Ocak 1923 tarihinde yapılan "Türk ve Yunan Nüfuslarının Mübadelesine İlişkin Sözleşme'ye göre, Yunanistan'daki Müslüman nüfus ile Türkiye'deki Ortodoks nüfus zorunlu mübadeleye tabi tutulacaktı. Sadece Batı Trakya'daki Türkler ile İstanbul, Bozcaada ve Gökçeada'daki Rumlar hariç tutulmuşlardı. Her ne kadar milliyetçilik temelli olsa da, antlaşma etnik değil dinî temellere dayanıyordu. Müslümanlarla Ortodoksların mübadelesi söz konusu olduğu için, Ortodoks Gagavuzlar ve Karaman Türkleri Yunanistan'a yollanmıştı, ki bunlar Türkçeden başka bir dil bilmiyorlardı. Gene Yunanistan'dan gelenler arasında Bulgarca, Rumence, Arnavutça ve Yunanca konuşan ama Türkçe bilmeyen Müslüman halklar da vardı. Türk ile Yunan arasındaki farkın etnik değil, dinî temelli algılandığına bir kanıt sayılabilecek bu durum, Osmanlı millet sisteminin gizli bir uzantısı olarak da görülebilir.