1908'de Kıbrıs'ta doğdu. 1927'de İstanbul Lisesi'ni bitirdikten sonra İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe Bölümü'nde felsefe ve sosyoloji öğrenimi gördü. Bu sırada aynı fakültenin Tarih bölümünden de sertifika alan Berkes, bir süre Ankara'da Türk Ocağı Kütüphanesi'nde ve Türk Eğitim Derneği'nin kurduğu deneme lisesinde öğretmenlik ve müdürlük yaptı. 1934'te üniversitenin yeniden yapılanması sırasında Edebiyat Fakültesi'nin Felsefe Bölümü'nde sosyoloji asistanı oldu. Bir yıl sonra ABD'ye giderek Chicago Üniversitesi Sosyoloji Bölümü'nde çalıştı. 1939'da Türkiye'ye döndükten sonra Ankara'da Dil, Tarih ve Coğrafya Fakültesi'ndeki sosyoloji doçenti olarak göreve başlayan Berkes, 1945'e kadar burada çalıştı. Aynı yıl tasfiye hareketi sonucunda kürsüsü kaldırıldı. Bunun üzerine gelişen olaylar sonucunda 1952'de yurtdışına gitti. Kanada'da McGill Üniversitesi İslâm Araştırmaları Enstitüsü'nde önce misafir profesör olarak görev yapan Berkes, 1956'da aslî profesör oldu. 1958-1959 arasında bu görevinin yanısıra Hindistan'da Aligarh Üniversitesi'nde de ders verdi, Pakistan, Endonezya ve Japonya'yı ziyaret etti. Emekli olduktan sonra İngiltere'ye yerleşen Niyazi Berkes, çalışmalarını burada sürdürdü. 18 Aralık 1988'de İngiltere'de Hythe'da öldü.