1936 yılında Trabzon Çaykarada (Dernek Pazarı) doğdu . Dedesi Mehmet Hanefi Kutluoğlundan hıfzını bitirdikten sonra tecvid okuyup tashih-i huruf yaptı. Aynı yerde ilk öğrenimiyle birlikte dedesinden Arapça ve dini ilimler tahsil etti, medrese geleneğine göre şeri ilimlerden icazet aldı. Bir yıl dedesinin yanında müderris kalfalığı yaptıktan sonra iki yıl kadar Trabzonun bir merkez köyünde imam-hatiplik yaptı.
1952 yılında İstanbul İmam-Hatip Okuluna girdi, 1959da mezun oldu. Bu öğrenciliği sırasında Diyanet İşleri Başkanlığı merkezinde açılan vaizlik imtihanını kazanarak İstanbulun muhtelif camilerinde, üç Ramazan da Manisa-Saruhanlıda fahri vaizlik yaptı. 1959-1963 yılları arasında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsünde yüksek öğrenimini bitirdi. Bu öğrenciliği sırasında da imam-hatiplik görevi yaptı.
1963-1966 yılları arasında İstanbul İmam Hatip Okulu meslek dersleri öğretmenliği yaptı. Bu arada ilk eseri olan İslâmda Kadın kitabını yazdı. 1966 yılı başında mezun olduğu Yüksek İslam Enstitüsüne Kelâm asistanı oldu. Aslen Faslı olup sonradan Türk vatandaşlığına alınan Prof. Muhammed Tanci idaresinde İslam Kelâmcıları ve Filozoflarına Göre Allahın Varlığı adlı tezini hazırladı. Bir taraftan da derslerini Arapça takrir eden hocasının tercümanlığını yaptı. İki yıllık yedek-subaylık görevinden sonra 1971 yılında tezini vererek İstanbul Yüksek İslam Ensitüsü Kelâm öğretmenliğine atandı. Buradaki görevi sırasında eğitim-öğretim çalışmaları yanı sıra çeşitli eserler yayımladı, branşında asistanlar yetiştirdi, yurt içinde ve yurt dışında seminer, kurs ve ilmi kongrelerde görev aldı, konferanslar verdi.
İstanbul Yüksek İslam Ensitüsünün Marmara Üniversitesine bağlı İlâhiyat Fakültesi haline getirilmesinden sonra Topaloğlu, bu fakültede 1983 yılında doktor unvanını aldı ve aynı yıl yardımcı doçent, 1986 yılında da doçent oldu. Yüksek öğretim kurumundaki görev süresi fazla olduğundan süre şartından muaf tutulan Topaloğlu 1988 yılında, önce kadro imkansızlığı sebebiyle İslâm Felsefesi anabilim dalında, 1993 yılında da Kelâm anabilim dalında profesör oldu. Bir süre aynı fakültede bölüm başkanlığı da yaptı.
Ekim 2002 emekli olan Bekir Topaloğlu halen Türkiye Diyanet Vakfı İslâm Ansiklopedisinde İnceleme Kurulu Başkanlığı, Kelâm-Mezhepler Tarihi ilim heyeti başkanlığı ile telif ve redaksiyon görevlerini yürütmektedir.