Kırım, Kazan, Azerbaycan ve Türkistan medreselerininin bozuluş şekli, aşağı-yukarı, Osmanlı medreselerine benziyordu.
Yani, siyasi ve iktisadi istikrarsızlıkların medreseleri manen ve maddeten yıpratarak öğretimle ilgili talimat ve gelenekleri bozması şeklinde tecelli etmiştir.
Bu arada, fen ve aklî ilimlerden uzaklaşarak sadece dinî tedrisata gidilmesi, medreselerin, cemiyetin ihtiyaç duyduğu sahalarda eleman yetiştirememesine sebep olmuştur.