İngiltere'nin uçsuz bucaksız fundalık arazilerinden birinde yer alan Misselthwaite Malikânesi, kapısı kilitli yüz odası, geceleri duyulan tekinsiz ağlama sesleri ve duvarla çevrelenmiş bahçeleriyle birlikte değişim, kurtuluş ve arınma temalı bir hikâyeye ev sahipliği yapar. Frances Hodgson Burnett'ın Gizli Bahçe'si, Victoria döneminde tasvir edilen gelenekselleşmiş yetim çocuk imgesini başka bir noktaya taşır. Oliver Twist, Jane Eyre ya da Heidi gibi munis, utangaç ve sinik bir karakter olmayan Mary Lennox, şımarık, bencil ve kimi zaman da şiddete meyillidir. Onun kendini tanıyıp sömürgeci bir kültürde yetişmenin etkilerinden sıyrılma yolculuğu, anahtarı toprağa gömülü bir bahçe kapısının açılmasıyla başlar. Mary'nin kendisi gibi sevgisiz bir çocukluk geçiren kuzeni Colin'in onu çepeçevre saran buhrandan kurtulmasının sırrı da aynı kapının ardında gizlidir.