Fatih Camii, tarihinde iki defa baskına uğradı. Birinci baskın, 1623’te oldu. Üzerinden 400 yıl geçmesine rağmen bu ilk hadiseyle ilgili yeterince kayıt var. İkinci baskın 1909’da yaşandı. Daha yakın bir tarihte olmasına rağmen bu baskınla ilgili kayda değer bir kayıt maalesef bırakılmamış. Fatih Sultan Mehmed Han’ın yadigârı bir cami baskına uğruyor, yüzlerce kurşun atılıyor ve onlarca talebe şehit ediliyor, bütün bunlara rağmen hâdisenin üstü örtülüp unutturuluyor.