Osmanlılar’ın son döneminde yetişen ve yeni ilm-i kelâm hareketini temsil eden âlim. İzmir’de doğdu. Çubukçu Hüseyin Efendi’nin torunu ve yedek yüzbaşı Hasan Efendi ile Giritli Hafize Hanım’ın oğludur. Küçük yaşta iken babasını kaybetti ve kardeşiyle birlikte annesi tarafından yetiştirildi. İlk öğrenimden sonra babasının amcası Âmâ Hâfız’ın yanında hıfzını tamamladı. Bir yandan medrese dersleri alırken öte yandan rüşdiyeyi bitirdi ve Ağustos 1891’de Namazgâh İbtidâî Mektebi’ne muallim tayin edildi. Aynı yıl İzmir Dârülmuallimîni’nde fahrî hocalığa başladı, bu arada İzmir İdâdîsi’nde imamlık ve hocalık yaptı. 13 Ocak 1890’da İstanbul’a gitti ve Dârülmuallimîn-i Âliye’nin ilk talebeleri arasına girdi, 1892’de Edebiyat Şubesi’nden mezun oldu. Medrese tahsiline İstanbul’da da devam eden İsmail Hakkı, Fâtih dersiâmlarından Hâfız Ahmed Şâkir Efendi’den icâzet aldı. Dârülmuallimîn-i Âliye’deki hocaları arasında en çok etkilendiği Ahmed Âsım Efendi ile irtibatını devam ettirdi ve mezun olduktan sonra ondan Fuṣûṣü’l-ḥikem’i okudu. Ahmed Âsım ve Ahmed Şâkir efendiler onun ilmî şahsiyeti üzerinde derin etkiler bırakmıştır. İsmail Hakkı ayrıca Hüseyin el-Ezherî’den Şâzeliyye tarikatı icâzetnâmesi almıştır.