2013'ün Mayıs' ında Yrd. Doç., 2016 yılında da Doç. unvanını aldı.
Türkiye Bilimler Akademisi TÜBA tarafından, üniversitelerde okutulan Türkçe ders kitabı yazan ya da Türkçeye çeviren yazarlara 2008 yılından itibaren verilen 'Bilimsel Telif ve Çeviri Eser Ödülleri' kapsamında, Cumhuriyet Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Ahmet Yüksel, Akademi Konseyi' nin 2014 tarihinin 2 Haziran günü ve 240 sayılı toplantısında, Sosyal Bilimler alanında Türkiye Bilimler Akademisi 2014 yılı Bilimsel Telif Eser Ödülü'ne layık görüldü.
2013 yılında yayımladığı II. Mahmud Devrinde: Osmanlı İstihbaratı adlı kitabıyla ödüle layık görülen Yrd. Doç. Dr. Ahmet Yüksel, Türkiye Bilimler Akademisi Bilimsel Telif ve Çeviri Eser Ödülünü kazandı. Ahmet Yüksel'e ödülünü TÜBA Başkanı Prof. Dr. Ahmet Cevat Acar takdim etti.
İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi, Bilim Tarihi Bölümü yayını olan Uluslararası Akademik Hakemli Osmanlı Bilimi Araştırmaları dergisinin; XVI Cilt, 1. sayısında 2014 tarihinde 19-49 sayfaları arasında Osmanlı Devlet Dairelerinde Mesai Kavramı ve Uygulaması (18. ve 20. Yüzyıllar) adlı makalesi yayımlandı.