İstanbul’da doğdu. Silivrikapı tekkesi şeyhi Seyyid Nizameddin Ahmed Efendi’nin oğludur. Doğum tarihi tam olarak bilinmez. Asıl adı Seyyid Seyfullâh Kāsım olup babasının ismine izâfetle Seyyîd Nizâmoğlu denmekle meşhur oldu. Halvetiyye tarikatının Sinaniyye kolunun kurucusu olan İbrahim Ümmî Sinan’dan ders alıp eğitimini tamamladı ve H. 1010 Muharrem’inde (M. 1601 Temmuz) İstanbul’daki vefatına kadar Silivrikapı Emirler Tekkesi’nde irşad faaliyetlerini sürdürdü. Vefatının ardından bu tekkenin haziresine defnedildi. Adı geçen tekkede kendi nesli uzun süre irşad faaliyetlerini sürdürdü.
Nizamoğlu, Seyfî ve Nizamoğlu mahlaslarını kullandı. Şiirlerinde çokça işlediği konular, İlâhî aşk, ehl-i beyt sevgisi ve on iki imama bağlılıktır. Nizamoğlu’nun manzum eserleri bir külliyat hâlinde İstanbul’da 1288 / 1871-1872 ve 1326 / 1908-1909 yıllarında basılmıştır.