Çağatay, Moğol devletinin müslümanların oturduğu bölgelerin hakimi olmasına rağmen islamiyete pek iyi gözle bakmamakta idi.
Zira titizlikle uyguladığı Cengiz yasası, İslamiyetin esasları ile uyuşmuyordu. Müslümanların akarsuya girmeleri bile yasaklanmıştı.
Çağatay'ın bu gibi harekette bulunanları öldürtmesi, onun müslümanlar arasında nefretle anılmasına yol açmış, hatta ölümü üzerine şair Sedid A'ver'in yazdığı kasidede "Saldığı korkudan kimsenin suya
giremediği adam, şimdi kendisi ölümün engin ummanında boğulmuş bulunuyor" beyti yer almıştı.