Scott Joseph Kelly (d. 21 Şubat 1964) Amerikalı NASA astronotu ve uçuş mühendisi. Agustos 2016 itıbarıyla Uluslararası Uzay İstasyonu'nda kesintisiz en uzun süre kalan ikinci astronot.
Eğitimini sırasıyla: West Orange High School, State University of New York Maritime College ve University of Tennessee'de tamamlamıştır. Uluslararası Uzay İstasyonu'nda kesintisiz en uzun süre kalan NASA astronotu olan Kelly, 27 mart 2015 tarihinde Uluslararası Uzay İstasyonu'na inerek 340 gün geçirmiş, 2 Mart 2016 tarihinde Dünya'ya geri dönmüştür. Scott Kelly uzayda geçirdiği 520 günlük süre içerisinde çektiği fotoğraf ve videoları Twitter hesabından takipçileriyle paylaşmıştır. Amerika Birleşik Devletleri başkanı Barack Obama ise Kelly'i telefonla arayarak tebrik etmiştir.
NASA, Scoot Kelly'i uzaya göndererek uzayın ve yerçekimi olmayan ortamların insan üzerindeki etkilerini test edebilmeyi amaçlamıştır. Kelly, uzayda geçirdiği süreden sonra 5 santim daha uzun olarak dünyaya dönmüş fakat bir süre sonra boyu tekrar eski halini almıştır. Uluslararası Uzay İstasyonu'ndan dönen Kelly'nin üzerinde sağlık taramaları yapılarak uzay yaşamının insan üzerindeki etkilerini saptama çalışmaları da yapılmıştır. Scoot Kelly 1 Nisan 2016 tarihinde emekliğe ayrılmıştır. Mart 2018'de Kelly'nin üzerinde yapılan araştırmalarda uzayda geçirdiği sürede genlerinin değişime uğradığı saptandığı açıklandı. Kelly ile kendisi gibi astronot olan ikiz kardeşi Mark Kelly'nin genleri karşılaştırıldığında birtakım farklılıklar gözlendi. Ayrıca stres, radyasyon ve yerçekimsiz ortam nedeniyle de metabolizmasında değişimlerin olduğu, vücudunun kendisini korumaya aldığı bilgisi paylaşıldı.