Dinde tolerans, insanda tolerans, cansız alemde tolerans... Mustafa Hoca herkese ve her şeye karşı tolerans istiyor. Dünyanın her yerinde bütün insanlara tolerans gösterilmesinden yana; Amerika Kızılderililerine bile bu gözle bakıyor..
Evet, karmaşık cahillikler de vardı. Düşünmek genellikle uzun ve yorucu bir 'vetire' idi; insan da bu uzun zinciri bir yerinden koparınca spekülasyona sapar ve dogmatik prensiplere sığınırdı..
"Matematik, düşünme sanatını sembolleştirir. Bugün mantık da matematik esaslara göre düzenleniyor. Boole cebri buna örnektir. Matematik, düşünmede ekonomi sağlar. İlim tarihi bize göstermiştir ki, basit ve sarih fikir, daima muğlak ve karışık fikre galip gelmiştir: Ptoleme, Kâinat sisteminde arzı sabit tutuyordu; her şey arzın çevresinde dönüyordu. Halbuki, güneşi sabit kabul eden Kopernik sistemi çok daha basittir. Basit çözümler aynı zamanda güzeldir, 'elegant'dır.."
Düşünmek Mustafa Hoca'ya göre, 'derunî bir konuşma' idi. Bu konuşma sessiz olduğu gibi dilsizdi de: "Burada kelimeler yerlerini kavramlara bırakır, fakat bu kavramlar da kelimelerden meydana gelir..