Bir grup bilgisizin zannettiği gibi metafizik eksik bir bilim dalı değildir. Ya da metafizik bilimin bebeklik çağı, bilim de bu bebeğin olgunluk çağı değildir. Metafizik, karanlıklıklardan, şaşkınlıklardan ve “bilmiyorum”lardan oluşan bir toplam olmadığı gibi, bilim de metafiziğin tamamlayıcısı değildir. Bu iki ilim dalı birbirinden bağımsızdır.
Bunlardan birini diğerinin alt birimi olarak değerlendirmemek gerekir.
Bazıları simyanın, kimyanın olgunlaşmamış dönemi olduğunu sanırlar. Yine Aristoteles’in mekaniğini de, Newton’un mekaniğinin ilk aşaması sayarlar.
Metafiziğin de bilimin başlangıcı olduğunu, metafiziği yapmak isteyip de yapamadıklarını, daha sonraları bilimin yaptığını, bilinmeyen ve kapalı olan şeylerin metafizikte yer aldığını, bunlar bilindiği ve aydınlığa kavuştuğu zaman bilime dâhil olduğunu sanıyorlar. Bilimle metafiziğin bir noktada kesiştiğini ve ikisinin de aynı amacı güttüğünü öne süren bu düşünce, öncülüğünü Auguste Comte’un yaptığı pozitivist bir düşüncedir.
Görüldüğü gibi ne bilim metafiziğin bülûğ çağıdır, ne de ikisinin hedefi aynıdır. Ne biri karanlıkların toplamıdır, ne de diğeri aydınlıkların tecelli ettiği yerdir. İkisi de aynı ölçüde “bilgi”nin kollarıdır. Farkları, hedeflerinde, yöntemlerinde ve iskeletindedir. İkisini de kabul etmek mümkündür. (Birinin varlığı diğerinin inkarını gerektirmez. ç.n.) Metafizik, bilimin eksik yanı olmadığından, ona sahip olmakla metafizik ihtiyacının ortadan kalkması da söz konusu değildir.
Bilim ve metafizik, farklı soruları cevaplandırır. Bilimin verdiği cevaplar, metafiziğin sorularının cevabı, yine metafiziğin cevapları da bilimin sorularının cevabı sayılamaz.
Sonuç olarak metafiziğin yöntemi şuna dayanmaktadır: Özel olguların nitelikleri göz önüne alınırsa, acaba bunlar olgunun özelliklerinden mi