Sineklerin Tanrısı; bir atom savaşı sırasında, güvenli bir bölgeye götürülen kalabalık bir çocuk grubunun içinde olduğu uçağın düşürülmesi ile başlar. Uçak Pasifik'te küçük bir adaya düşer, pilot ve görevliler hayatlarını kaybeder. Issız bir mercan adasında, yaşları 6 ile 12 arasında olan çocuklar, başlarında birer koruyucu olmaksızın yalnız kalmışlardır. Kitap, bu çocukların kurtulma ve hayatta kalma serüvenlerini anlatır. Ne var ki, konu olarak çok benzediği Robert Ballantyne'ın Mercan Adası adlı romanından farklı olarak, çocuklar, ait oldukları İngiliz medeniyetinin küçük bir modelini oluşturamazlar.
İlk başta demokrasi denemeleri ve kurallar, baskılardan uzak ve örnek bir düzen kurma isteği vardır; fakat çocuklar uygar insanın dahi kaçamadığı ilkel dürtülere yenik düşerler, adaya adım adım kaos hakim olur. Sineklerin Tanrısı ilk bakışta bir grup çocuğun ıssız bir adada hayatta kalma mücadelesini; temelde ise insanın doğasını çeşitli çatışmalar ve olaylar aracılığıyla anlatmayı amaçlayan bir kitaptır.
Kitap son derece alegorik, sembollerle dolu olduğundan dikkatli incelenmesi gerekmektedir. Olaylar bir uçağın küçük bir adaya düşmesinin sonucudur. Ada, dış dünyadan izole olmanın bir sembolüdür; çoğu ütopyada ortak olan bu mekân seçimi, karakterleri dış dünyanın olumlu ve olumsuz tüm etkilerinden uzaklaştırarak iç dünyalarına bir yolculuk yapmalarını sağlar. Sadece mekân seçimiyle bile Golding, kitabında bir çeşit ütopyayı anlatacağının işaretini verir okuyucuya. Ayrıca, pilot ve benzer büyüklerin tamamı kaza sırasında ölmüştür. Bu da izolasyonun güçlenmesini, çocuklar için rehber ve koruyucu olacak figürlerin ortadan kalkmasını sağlar. Bildikleri her yerden ve her şeyden uzakta, başlarında bir otorite olmaksızın tek başlarına kalmıştır çocuklar.