CIA ve MAH'ın gerçekleştirdiği bu kontrgerilla faaliyetlerinin doğası tam olarak bilinemiyor. Fakat resmi arşivlerden öğrenilebildiği kadarıyla, 1957 yılında Ankara'da görev yapan Yunanistan askeri ataşesi, bu birimlerin varlığının farkındaydı. Yunan ataşe, ilk başta bu birimlerin Türkiye'deki gizli üslerde eğitilip Kıbrıs'a gönderilerek Kıbrıs'taki Rum EOKA'ya karşı savaştırılacağını düşünüyordu. Fakat Amerikan Büyükelçisi, Yunan ataşeye güvence vererek bu kontrgerilla birimlerinin Kıbrıs'la hiçbir alakası olmadığını belirtti.
İkinci Dünya Savaşı'nda MAH, bir yandan M16 ile Balkanlar ve Orta Doğu'da ortak operasyonlar düzenlerken bir yandan da Almanların Türkiye çevresindeki manevralarını tek başına zayıflatmaya çalışıyordu.
Örtülü operasyon, Ankara için öteden beri cazip bir yöntem olmuştur. Örtülü operasyonlar, dünyayı görünmeyen gizli eller aracılığıyla şekillendirmeye çalışan faaliyetlerdir. Türkiye gibi bir imparatorluk kalıntısı olan fakat görece zayıflığına rağmen büyük hırslara sahip ülkeler için örtülü operasyonlar, sıklıkla başvurulan yöntemlerin arasında gelmekteydi. Bu operasyonların sonradan inkar edilebilir olması, gerekli etki politikalarını uygularken komşularıyla, özellikle de Sovyetler Birliği'yle direkt bir çatışmayı önleme fırsatı yaratıyordu. Komşularıyla ve daha da önemlisi Sovyetlerle doğrudan karşı karşıya gelmekten kaçınmaya çalışan Ankara için örtülü eylemin reddedilebilirliği kilit bir özellikti.
Amerika, bu operasyonları Türkiye'de yürütmeye başladı. Bu üsleri kurmak için önemli bir bütçe, personel ve lojistik altyapı Münih'teki istasyondan İstanbul'a kaydırılmıştı. Bu üslerde yürütülen faaliyetler, Türkiye ve Amerika'nın ortak oluşturduğu bir kurul tarafından denetleniyordu. Fakat 1955 yılının sonunda Türk yetkililer, Türkiye'den yürütülen bu operasyonlarda sadece MAH'ın yetkili olmasını talep ettiler. Türkiye'nin bu talebinin altında, MAH'ın özellikle Kafkaslar, Balkanlar ve Orta Asya'da Amerikalıların hedef ve amaçları dahilinde olmayan başka operasyonları yürütme arzusu vardı. Ne var ki, Amerikalılar Türkiye'nin bu isteğini kabul edilemez buldular ve tüm faaliyetlerini Münih'e geri taşıdılar. Böylece Ankara operasyonlar üstünde tam hakimiyet kurmak isterken, Amerikalılar'ın Türkiye'deki operasyonları durdurmasıyla arzu edilenin tam tersi gerçekleşmiş oldu.
Psikolojik harp yöntemlerinden biri de bölgede yayın yapabilecek radyo istasyonları kurmaktı. CIA, hem bu radyo istasyonlarını Sovyetler'e yakın bölgelere kurmak hem de bu istasyonlarda çalışacak kişileri bulmak için yerel müttefikleriyle çalışmak zorundaydı. Türkiye, bu işe istekli ve uygun bir müttefikti. Amerika, Türkiye'de Kafkasya, Bulgaristan, Çekoslovakya, Türki Cumhuriyetler, Polonya ve Avrupa'daki Sovyet uydularını hedef alan radyo istasyonları kurarak Doğu Projesi (Project East) adı altında bir psikolojik harp operasyonu yürütmeyi planlıyordu. MAH da buraların dilini ve kültürünü bilen eleman sağlamakla görevlendirilecekti. 1952 yılında İstanbul CIA istasyon şefi olarak görev yapan Archibald Roosevelt'in günlüğüne yazdıkları, bu operasyonlara ışık tutmaktadır. Roosevelt'e göre, etkili bir psikolojik harp operasyonu için ilk önce Sovyetler'den Türkiye'ye kaçan ya da kaçmaya meyilli olan kişilerle, MAH'ın halihazırda irtibatta olduğu kişilerin bir listesi çıkarılmalıydı. Ayrıca, MAH'ın halihazırda irtibatta olduğu, Sovyetler Birliği ve Türki Cumhuriyetler hakkında kişisel deneyiminin yanında akademik bilgisi de olan Zeki Velidi Togan gibi önemli kişilerle iletişim kurulmalıydı.