O geceyi sabaha kadar kapalı bulunduğu hücrede namaz ve niyaz ile geçilen Atıf Hoca Şubat'ın 4 ncü Perşembe günü şafak sökerken Ankara hapishanesinin önüne kurulan sehpa önüne getirilerek idam edilmiştir.
Atıf Hoca'yı idam eden celladın söylediğine göre rahmetli hoca yeryüzündeki son abah namazını kılıp başını secdeden kaldırdıktan 3-5 dakika sonra ipe çekilirken, yine sükun ve huzur içinde etrafına bile bakınmadan, yalnız kelime-i şehadet getirmiştir.