1904'te İngiliz devlet okullarının Fransa'daki denkleri kapatıldı: Lyons'da rahip okulları işlemez hâle geldi ve şehrin ikinci öğretimdeki öğrencilerinin yüzde 40'ı devlet liselerine yerleştirildi. Aralık 1905'te Kilise ile devletin ayrılması kararı alındı, ayrıntılar 1907 itibarıyla netleşti. Devlet artık Kilise'nin maaşlarını ödemekle, binalarının bakımını yapmakla yükümlü değildi; ikisi de inananların sorumluluğundaydı, her ne kadar pratikte belediyeler bazen yardım etse de. Kilise de atamalarında devlet onayına ihtiyaç duymuyordu. Kilise'nin mal varlığı kamulaştırıldı, hatta bazı mülkleri satıldı. Grande Chartreuse adlı manastır, likör imalatçısı Cusenier'ye çok düşük bir meblağa satıldı, belki de devletin bilirkişilerine rüşvet yedirilerek. Zararsız rahibe toplulukları sürgün edildi, tıpkı Cizvitler gibi İngiltere'ye ya da Belçika'ya yerleşti. Brittany'de köylüler kiliselerini savunmaya çalışınca tatsız manzaralar oluştu. 1907 itibarıyla devlet seküler adımların hızını biraz kesti ve mal varlığı konusunda verilen tavizler işe yaradı; bundan sonra da Kilise karşıtlığı, tıpkı İngiltere'deki Anglikan karşıtlığı gibi, mesele olmaktan çıktı.