Molla Fenari'nin Osmanlı düşüncesi üzerindeki ge el etkisi üç madde halinde sıralanabilir:
1. İbn Arabi ekolünün etkisini yerleştirmesi
2. İlmi teşkilatı tasavvufî bir çizgi üzere şekillendirmesi
3. Osmanlı düşüncesi üzerine Fahrettin Razî anlayışını yansıtması