Cengiz Şişman, İstanbul Boğaziçi Üniversitesi'nde Psikoloji bölümünden mezun oldu ve Temple Üniversitesi'nde İslam ve Yahudi Çalışmaları alanında Yüksek Lisans derecesi aldı. Harvard Üniversitesi'nde tarih ve Orta Doğu çalışmaları alanında bir yüksek lisans derecesi daha aldı ve aynı üniversitede "Osmanlı Sarayında Bir Yahudi Mesihi: Sabetay Sevi ve Bir Yahudi-İslam Toplumunun Doğuşu" (1666-1720) başlıklı tezini tamamladı.
Lisansüstü çalışmaları sırasında Dr. Şişman, İbrani Üniversitesi'nde özel öğrenci olarak bir yıl geçirdi. Doktorasını aldıktan sonra Türkiye'ye giderek Boğaziçi, Koç Üniversitesi ve Bilkent Üniversitelerinde ders verdi. Daha sonra Amerika Birleşik Devletleri'ne dönerek Brandeis Üniversitesi'nde misafir yardımcı doçent, ardından Furman Üniversitesi'nde yardımcı doçent olarak ders verdi.
Dr. Şişman, 2015 sonbaharından bu yana Houston-Clear Lake Üniversitesi'nde tarih profesörü olarak görev yapmaktadır. "Sessizliğin Yükü: Sabetay Sevi ve Osmanlı-Türk Dönmelerinin Evrimi " adlı kitabı Eylül 2015'te Oxford University Press tarafından yayımlandı. Yayımlandığı günden bu yana büyük ilgi gördü ve Türkçeye çevrildi. Times Literary Supplement gibi İngilizce, İbranice ve Türkçe akademik yayınlarda 20'den fazla olumlu eleştiri aldı . Osmanlı Tarihi Podcast'ine kitabı hakkında verdiği röportaj 12.000'den fazla kez dinlendi ve 2017'nin en iyi podcast'i seçildi.
Dr. Şişman şu anda, geçici adı "Yanıma Kimse Yaklaşmadı": Osmanlı/Doğu Yahudileri Arasında İngiliz ve Amerikan Misyonerlik Faaliyetleri" olan yeni kitap projesi üzerinde çalışıyor. Çalışmaları, dinler tarihi, din değiştirme, dinsizlik, mesihçilik, mistisizm, kripto kimlikler ve din ve moderniteye olan derin ilgisiyle bağlantılıdır. Halen lisans ve lisansüstü düzeyde dünya tarihi, İslam imparatorlukları, İslam topraklarındaki Yahudiler ve Hıristiyanlar ve modern Ortadoğu konularında dersler vermektedir.