1935’te Kahire’de dünyaya gelmiştir. Kahire Üniversitesi Edebiyat Fakültesi felsefe bölümünden mezun olmuştur. Mezun olduğu yıl Fransa Sorbonne'a kendi imkanlarıyla gidip doktorasını yapmış ve sonrasında ülkesine geri dönmüştür. Hasan Hanefi, Sorbonne Üniversitesi'nde İslam'da metodoloji üzerine Menâhicu'l-İslamiyye adlı doktora tezini kaleme almıştır. Bu eserinde Mutezile’nin usul-i fıkıh anlayışını çalışmıştır. Hatta Ebu'l Hüseyin el-Basri'nin ''el-Mutemed'' adlı usul-i fıkıh eserini 70'li yıllarda tahkik edip neşretmiştir.
Hasan Hanefi, Fransa'dan döndükten sonra önce Amerika'ya gitmiş ve iki yıl burada hocalık yapmıştır. Amerika'dan döndükten sonra özellikle Camp David anlaşmasından sonra Hasan Hanefi de yazdığı sert yazılardan dolayı üniversiteden atılanlar arasındadır. O, daha sonra Fas'a gidip iki senede orada hocalık yapmıştır. Sonrasında Japonya’ya gitmiş ve üç sene hocalık yapmıştır.
Hasan Hanefi'nin yetiştiği ilk ortamda İhvan-ı Müslimin'in etkisi vardır. Paris'e gitmeden önce düşünce hayatını Mevdudi, Seyyid Kutub ve Hasan el-Benna gibi isimler şekillendirmiş ve kafasında müthiş bir İslamcılık oluşmuştur. Paris’ten döndüğünde ise kendisini İslam’ın sol yorumu olarak bilinen el-Yesaru'l-İslami akımının içerisinde bulmuştur.