Yakın dönem çalışmalar şunu göstermektedir ki anne sütünde bebeğin bağırsağı ve bağışıklık sistemi için çok önemli mikroorganizmalar bulunmaktadır. Stafilokok, streptekok, laktik asit bakterileri ve bifidobakteriler gibi bakteri grupları bu biyolojik sıvının içerisinde yer almaktadır ve amaçları bebeğin bağırsaklarında kolonize olmaktır. Bu bakterilerin bebeği enfeksiyonlara karşı korumada rol oynadığı düşünülmektedir. Ayrıca bağışıklık sistemini olgunlaşması açısından da çok önemlidirler.