Eserin özünde, insanı simgeleyen Doktor Faust ile şeytan (Mefistofeles) arasındaki ünlü pazarlık yatar.
Eser, felsefeyi, tıbbı, hukuku ve teolojiyi derinlemesine araştırmış, ancak yine de hayatın sırrını çözememiş ve tatmin olamamış yaşlı bilim adamı Faust'un çalışma odasında başlar.
Mefistofeles, Faust'a dünyevi tüm zevkleri ve bilgeliği vaat eder. Faust, eğer herhangi bir anda "Dur, geçme! Ne güzelsin sen an!" diyerek anlık bir tatminle huzur bulursa ruhunu şeytana vereceğine dair anlaşma yapar. (Kanıyla değil, tek bir cümleyle onaylar.)
Roman ilerledikçe daha karmaşık ve felsefi olup, siyasetten mitolojiye, sanattan bilime kadar geniş bir yelpazede insanlık tarihine ve kültürüne göndermeler yapar.
Faust, arayışını sürdürürken büyük projeler gerçekleştirir. Sonunda, sürekli çabalayan ve daha iyiyi arayan doğası sayesinde Mefistofeles'e ruhunu teslim etmez ve ruhu Tanrı tarafından kurtarılır.
Faust, sürekli daha fazlasını bilmek, daha fazlasını deneyimlemek ister. Bu doyumsuz arayış, durağanlığa ve mevcutla yetinmeye karşı çıkan modern insanın bir simgesidir. Goethe, insanı hareket eden, çabalayan bir varlık olarak görerek onu yüceltir.
Şeytan (Mefistofeles), sadece kötü bir figür değil, aynı zamanda "hep kötülük isteyen, hep iyilik eden" bir güçtür. Faust'u yoldan çıkarma çabaları bile, aslında onun daha fazla çabalamasına ve gelişmesine hizmet eder. İyi ve kötünün insan doğasında ne kadar iç içe olduğunu sorgular.
Faust'un bilime olan inancını kaybetmesi ve ardından büyücülüğe yönelmesi, Aydınlanma döneminin getirdiği bilimsel bilginin sınırlılığını ve insanın ruhsal tatmin arayışını vurgular.
Faust'un durmak bilmeyen hırsı ve her şeyi deneyimleme arzusu, modern bireyin doyumsuzluğunu ve dünyevi başarı uğruna manevi değerlerden vazgeçebilme (Faustian