Alim, kendi vazettiği faraziyelerden henüz tahakkuk edip etmediklerine nazaran daima şüphe etmelidir... alimin şüphesi bir 'Septikin' şüphesi gibi değildir; belki ikisi arasında tezat vardır.
Septik, kendine inanan, fakat ilme inanmayan bir adamdır ve ilmi inkar edecek kadar cür'etkardır. Hakiki alim ise, ancak kendinden ve kendi tefsirlerinden şüphe eder; fakat ilme inanmıştır. "
edilmesi en güç ilim, şüphe edilmesini öğrenmektir.
Köprülü, katı bilim süzgecinden geçmeyen hiçbir görüşü, hiçbir hareketi, hiçbir hedefi kabul etmek niyetinde değildi. Bu nedenle 1926'da kendisine teklif edilen Yeni Harfler Komisyonu Bakanlığı'nı reddetti. 1933 Üniversite reformuna -kendi enstitüsü iyi not almış olduğu halde-canı gönülden taraftardı ama bu reform sonunda ehil olmayan kişilerin kürsülerin başlarına getirilmesini pek acı bir dille eleştirmiştir.
Hegel'in (ve Marx'ın) diyalektiği (Tez+Antitez=Sentez) Atatürk'ün düşüncesine tersti. Atatürk mantıken tutarsız ifadelere düşüncesinde yer vermemeye büyük özen göstermiştir ki, bu da bilimsel tutumun özelliklerinden biridir. Bilim doğa hakkındaki düşüncelerimizden tutarsızlıkları ayıklamaya uğraşır. Birbiriyle çelişen ifadelerden bir sentez üretmek mümkün değildir.