Ardı sıra gelen savaşlar, siyasi çatışmalar ve değişen sınırlar, Karaağaç'taki istasyonun kaderini belirledi. Balkan Savaşları ve I.Dünya Savaşı'nın ardından, Osmanlılar Trakya ve Balkanlar Yarımadası'nın önemli bir bölümünü terketmek zorunda kaldılar. 2000 kilometrelik Osmanlı Balkanları demiryollarının sadece 337 kilometresi Türk topraklarında kaldı. Karaağaç, 1923 Lozan Antlaşması'yla Yunanistan'ın savaş tazminatı olarak Türkiye'ye katıldı ve bu nedenle Kurtuluş Savaşı'nın ardından sembolik bir öneme sahiptir. Ancak, Lozan'da Yunanistan ve Türkiye arasına çizilen sınır hattı, Uzunköprü istasyonunu geçtikten sonra demiryolu raylarının Yunanistan topraklarına girmesi ve bir süre sonra tekrar Türk topraklarına dönmesi gerektiği için başka bir sorun yarattı. Kısa sürede, bu iki ülke arasında bir sorun haline geldi ve seyahat süresinde önemli bir gecikmeye neden oldu. Sorunu çözmek için 1929'da Şark Demiryolları Şirketi ile Türkiye Cumhuriyeti arasında sadece Türk topraklarından geçecek yeni hatların kurulması için yeni bir anlaşma imzalandı. Şark Demiryolları şirketi 1937'de Türk hükümeti tarafından millileştirildi ve devaralındı, ancak yeni hatların kurulumu 1971'e kadar gecikti. Proje başlatıldığında, Edirne'nin doğu tarafında yeni bir istasyon inşa edildi. Kıbrıs Çıkarması sonrasında Yunanistan ile artan gerginlik nedeniyle Karaağaç istasyonu geçici olarak bir askeri karakol olarak kullanıldı. 1977'de Edirne'de kurulan Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi'ne devredildi; başlangıçta bir misafirhane olarak işlev gördü, ardından Trakya Üniversitesi'nin rektörlük binası olarak hizmet verdi. Şu anda, üniversitenin Güzel Sanatlar Fakültesi'ne ev sahipliği yapmaktadır.