Algernon’a Çiçekler, bilişsel kapasite ile duygusal olgunluk arasındaki trajik uçurumu ve kimlik inşasının sarsıcı dinamiklerini inceleyen bir vaka analizi niteliğindedir. Charlie Gordon’un IQ’su dahi seviyesine ulaştığında yaşadığı "farkındalık trajedisi", çevresindeki insanların samimiyetsizliğini ve dünyadaki kötülüğü görmesini sağlayarak onu derin bir yabancılaşmaya sürüklerken; kitapta kilit rol oynayan Rorschach ve TAT testleri bu dönüşümün en somut metaforları haline gelir. Başlangıçta mürekkep lekelerinde hiçbir şey göremeyen somut bir zihne sahip olan Charlie, zekası arttıkça bu testleri bastırılmış çocukluk travmalarını, anne figürüyle olan çatışmalarını ve varoluşsal korkularını yansıttığı birer içsel ayna olarak kullanmaya başlar. Ancak bu entelektüel zirve, bilim insanlarının onu bir insan değil bir "denek" olarak görmesiyle sarsılırken, kader ortağı fare Algernon’un zihinsel çöküşü Charlie için kendi zihninin ölümüne dair trajik bir yas sürecine dönüşür. Finalde Charlie’nin yeniden lekelerde anlam bulamaması ve imla hatalarına geri dönmesi, zekanın geçiciliğini ve insanı tanımlayan asıl değerin yüksek bir IQ değil, her şeye rağmen korunan o saf nezaket ve hatırlanma arzusu olduğunu hüzünlü bir şekilde kanıtlamaktadır