Şeker Portakalı 5 yaşındaki Zeze isimli bir çocuğun acı hikayesini anlatıyor. Brezilya’nın çok uzağında bulunan bir kasabada çok fakir bir ailenin çocuklarından biri olan ve 5 yaşında olmasına rağmen hayal gücü ve zekası çok gelişmiş olan Zeze çok yaramaz bir çocuktur. Yaptığı yaramazlıkları ona “içindeki şeytanın” yaptırdığına inanır.Gercekten mahallede yaptığı yaramazlıklar her çocuğun yapabileceği sıradan yaramazlıkların çok ötesindedir. Çok meraklı olan ve çevresindeki her şeyi keşfetmeye çalışan bu çocuğun diğer çocuklardan ayıran en ılgınc noktası ise okumayı çok erken öğrenmesidir. Bunun üzerine ailesi onu hemen okula yazdırır. Ancak zeze onların kendisinden kurtulmak için okula yazdırdıklarını düşünüyor ve bu konuda çok da haksız sayılmaz. Zeze ,yaptığı yaramazlıklardan dolayı hem babasından hem de abisinden sıklıkla dayak yer öyle ki bir keresinde yediği dayaktan dolayı haftalarca yataktan çıkamaz.
Zeze’nin babası işsizdir ve aile bu yüzden büyük bir fakirlik çeker. Anne ve ablasının çalışmaları yetersiz kalır. Taşınmak zorundadırlar ve bu Zeze’ye acı verir. Taşındıkları yeni evin bahçesinde çeşit çeşit ağaç bulunmaktadır ancak Zeze bahçedeki şeker portakalı fidanını sahiplenir ve kendi fidanı olduğu için ona ilgi gösterir. Fakat bu şeker portakalı fidanının dıger ağaçlardan ayıran bir özelliği vardı. O da Zeze ile konuşmasıdır. Bu sayede Zeze şeker portakalı fidanı ile çok iyi arkadaş olur ve Zeze tüm gün yaptıklarını seker portakalı fidanına anlatmaya başlar.
Zeze’nin en büyük hayallerinden bir tanesi ise yarasa gibi kasabanın en havalı arabası olan Portekizlinin arabasının arkasına asılarak rüzgarı hissetmektedir. Bir gün cesaretini toplar ve bunu dener. Fakat denemesi ile başarısız olması ve Portekizliden dayak yemesi bir olur. O gün büyüdüğünde