Frajil X proteinin işlevi, hücre içinde birçok farklı RNA molekülü taşımaktır. Bu taşınım, RNA'ları doğru bölgelere götürür ve onların nasıl işleneceğiyle birlikte nasıl protein üreteceklerine de etki eder. Frajil X proteini yoksa, diğer RNA molekülleri uygun şekilde düzenlenemez ve bu da hücrenin normal işleyişini altüst eder.
Nedenleri açık olmasa da, beyindeki nöronlar bu etkiye özellikle hassas görünüyor ve böylelikle bu hastalıkta öğrenme bozukluğu gelişiyor.