Yıllarca Avrupa’da derslerde okutulan İbn-i Sina’nın deneysel tıbbının yerine, peygamber tıbbı denilen uygulama kullanılmış, bunun sonucunda Tıp terk edilerek, İslam dünyası üfürükçülerin eline teslim edilmiştir.
İslam tarihinde, astronomi bilimine yani gök bilimi ile uğraşmanın sonucu olarak “Allah’ın işine karışmak” şeklinde değerlendirilerek günah sayılmış, 11.yy’da dünyanın yuvarlaklığını ispat eden Biruni’nin çalışmaları “dine karşı yanlış” denilerek reddedilmiştir.
Büyük ilim adamı diye anılan Gazali, Farabi ve İbn-i Sina’nın felsefi çalışmalarını reddetmiş, İslam’a bilim ve mantık kapılarını kapatarak dini ilimlerin önünü kesmiştir.
12.yy’dan itibaren İslamiyet, Kuran,Hadis,Fıkıh ve Kelam adlarıyla dört kavram içine hapsedilmiş sonradan müspet ilimleri faydasız ilimler (öteki taraf için gerekli değil) sınıfına sokarak bilime kapıları kapatmışlardır. Bunla kalmayıp bilim ile uğraşanları kafir-gavur ilan ederek dinden afaroz etmişlerdir.
İslam Aydınlanma çağı diye anılan bu dönemde Felsefe, Matematik, Astronomi ve Tıp benzeri pozitif bilim çalışmaları başlamıştır. Bunun sonucu sürekli övündüğümüz Farabi’leri, Biruni’leri, İbn-i Sina’ları, El Cabir’leri yetiştirmiştir. Ancak bu durum böyle devam etmemiş bilim, tarikatların hışımına uğramıştır.