şehzade mustafa babası kanuni sultan süleyman manisa sancak beyiyken 1515 de manisa'da doğmuştur. annesi mahidevran sultandır. 1553 yılında konya ereğli'de babası tarafından boğdurulmuştur. dedesi yavuz sultan selim 1520 de vefatından sonra 5 yaşında istanbul'a gitmiştir. eğitiminde makbul pargalı ibrahim paşa üzerine düşmüş, çok iyi bir eğitim almasını sağlamıştır. 1534 yılında manisa sancak beyi olarak manisa'ya gitmiş, veliaht şehzade olmuştur. lalası mustafa süruri efendi kanuni'ye yolladığı raporunda; 'cihan padişahı babası gibi adil, atası sultan selim gibi yavuz ve korkusuz, büyük atası sultan mehmet gibi zeki. devlet-i aliye'nin gördüğü en parlak şehzade' yazmıştır. manisa yönetiminde şehir zenginleşmiş halk şehzadenin yönetimini çok sevmiştir.
1542 yılında kanuni sultan süleyman'ın gönlündeki şehzadesi mehmet'i manisa'ya atamış şehzade mustafa amasya'ya yollamıştır. bu atama ile bile halk ve asker sinirlenmiş, kanuni 'doğu sınırlarının güvenliği için amasyaya atandığı hala daha veliaht şehzade mustafa'dır' fermanını yazmak zorunda kalmıştır. o yıllarda bilim kurulu toplamıştır amasya'da.
arkasında güçlü bir halk ve asker desteği olmuştur. bazı riveyetlerde hürrem sultan'ın oyunları ile bazı rivayetlerde padişahın kendisine rakip görmesi sonucu idam edilmiştir. kanuni gençliğinde dedesinin babası tarafından tahtan indirildiğine şahit olmuştur, şehzade mustafa'nın görünüş olarak da dedesi yavuz sultan selim'e benzediği söylenilir.
konya'ya geldiğinde amasya'da getirdiği 5 bin askeri vardır. babası kendisine uzak bir yere otoğını kurmasını emreder.
daha sonra babasının elini öpmeye ve ordusu ile sefere katılmak için ordugaha gider. rivayet odur ki, bazı yeniçeri ağaları babasının cadırına girmemesi gerektiğini orada kendisini koruyamayacaklarını padişahla