22 Haziran 1941'de Sovyet savaş komuta kademesi dağılmış haldeydi. Kilit önemi haiz iki kurum bir aydan fazla süredir şekillenememişti. ilki olan Devlet Savunma Komitesi (GKO) Stalin'in çekip çevirdiği devlet aparatı tarafından icra edilen siyasi ve ekonomik güç üzerinde tekel durumdaydı.
Silahlı kuvvetlerin üst komuta organı Stavka ancak Stalin 9 Ağustos 1 941 'de bu organın komutanı olduğunda etkili hale geldi. Bu yapı bu tarihten itibaren Stalin'in kişisel kontrolü altındaydı. Askeri harekatları da Stalin cephelerdeki temsilcileri aracılığıyla (ya da Sovyet Genelkurmayı Genştab üzerinden) yönetiyordu.
Genştab bazı kilit önemdeki işlevlerin dışında bırakılmış, bu işlevler Stalin'e yakın kişilere verilmişti. Sistem çok aşırı bürokrasi olmaksızın işliyordu, fakat Stalin sürekli askeri hiyerarşileri baypas ederek sistemi altüst etmekteydi.
II. Dünya Savaşı’nın sonuna gelirken, Stalin ülkedeki etnik gruplar için çok sert tedbirler almaya başlar. Bunlardan ilki, stratejik açıdan mühim gördüğü bölgelerdeki Rus olmayan halkı başka bölgelere transfer etmektir. Bu fikrin tatbiki için de, ülke güvenliğini sağlamak amacıyla kurulmuş olan Devlet Savunma Komitesi, (GKO) ülkedeki azınlıklar üzerine bir rapor hazırlamış ve 10 Mayıs 1944’te Stalin’e sunmuştur. Bu raporda, Kırım Tatarlarının tamamının Kırım’dan çıkarılması teklif edilmektedir. Stalin 11 Mayıs’ta bu öneriyi kabul etmiş ve öneri 5859 sayılı kararname ile resmileşmiştir.
17 Mayıs’ı 18 Mayıs’a (1944) bağlayan gece Kızıl Ordu askerleri operasyona başlamıştır. Gece yansı yataklarından kaldırılan Kırım Tatarlanna, 15-20 dakikalık zaman içerisinde yola çıkmak üzere hazırlanmaları istenmiş ve sonrasında hayvan vagonlarına bindirilerek Orta Asya’ya doğru yola çıkarılmışlardır. Bu aslında tarihte eşi benzeri görülmemiş bir caniliktir.
Gönderilenler arasında II. Dünya Savaşı’nda Rus ordusunda savaşmış madalyalı askerler de bulunmaktadır. Sürgün kararı uygulanırken, hiçbir istisna gözetilmeden bütün Kırım Tatarları Kırım’dan uzaklaştırılmaya çalışılmış ve insanî olmayan şartlarda yapılan sevkiyat ve sonrasındaki birkaç yıl boyunca yaşanan sefalet nedeniyle, sürgün edilen 423.000 Kırım Türkünün 195.000’i hayatını kaybetmiştir.
Ansızın gerçekleştirilen bu sürgün, gerek maddi gerekse manevi olarak Kırım Türkleri üzerinde yıkıcı bir etki yaratmıştır. Maddi olarak çekilen zorluklann yanına vatan hasretinin de eklenmesi, durumlarını iyice zorlaştırmıştır. Buna rağmen, Kırım’ı vatan olarak görmekten ve birgün vatanlarına dönmek için çabalamaktan asla vazgeçmemişlerdir.