Ne yazık ki Piri Reis'in kaptanlığı, bilginliği derecesinde başarılı olmamıştı. Aksine Portekizlilerle Umman Denizi'nde sürdürülen savaşlarda görevlendirilmesi, hayatına mal olmuştur. Emrindeki kadırgaların çoğunu Basra'da bırakarak Süveyş'e dönünce sorumlu bulunmuş ve Kanuni Süleyman' ın fermanı üzerine Mısır divanında boynu vurularak idam edilmiştir.