Akşemseddin, bulaşıcı hastalıklar üzerinde de çalıştı. Araştırmalarının sonunda vardığı neticeyi "maddetül-hayat" adlı eserinde şöyle ifade etmiştir: "Hastalıklarının insanlarda teker teker peyda olduğunu sanmak hatadır. Hastalık insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma ise gözle görülmeyecek kadar küçük, fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur".
Böylece Türk hekimi Akşemseddim, bundan beş yüz yıl evvel mikrop teorisini ortaya koydu.