Gülen hareketi medreselerini 1990 yılında çoğunlukla yeni bağımsızlığını kazanmış Türki Cumhuriyetlerin bulunduğu Orta Asya ve Rusya'da kurdu. Gülen'in Orta Asya'daki medreseleri El-Kaide'nin eğitim verdiği okullar olarak ve bölgede faaliyet göstermekte olan gizli CIA ve ABD Dışişleri Bakanlığı yetkilileri için paravan olarak kullanılmıştır.