431 yılında Efes Konsili, Sasanîlerin ülkesine sığınmış Nesturiliği mahkûm eder; 451 yılında Kadıköy Konsili de Monofizitliği. Ne var ki, Suriye’de ve Mısır’da gücünden hiçbir şey yitirmeyen Monofızitlik, bir yüzyıldan fazla bir zaman, tâ Konstantinopolis’teki hükümet çevrelerine değin etkide bulunacaktır. İmparatorların, Monofızitlere verilecek ödünler, Roma ile birlik ve Monofizitler karşısında sertlik politikası arasında duraksadıkları olmuştur.Ancak, iç barışı sürdürmek için Monofızitlere verilecek ödünler boşa çıkmış, fazla olarak da Roma ile güçlüklere yol açmıştır. Özellikle Justinianus, öteki sapkınlara ya da imansızlara, Ariusculara, paganlara, Manicilere, Yahudilere zulmederken, Monofızitlere de zulmetti. Buna bir tepki olarak, Monofizitler, kesin biçimde ayrı ve özerk kiliseler kurdular: Kıptî Kilisesi, Suriye -ya da Yakubî- Kilisesi, çok geçmeden de Ermeni Kilisesi böyle doğdu. Her birinin törenleri, kendi dillerinde yapılıyordu ve kendi hiyerarşilerine bağımlıydılar.