646 yılında Müslümanlar İskederiye'yi istila ettikleri zaman, kütüphaneyi tahrip ettikleri iddia edilmiştir; bundan yalnızca Kütüphaneden geriye kalan çok az şeyi tahrip ettikleri kastedilebilir. Bu büyük kütüphanenin tarihi, doğru biçimde anlatılabilirse, İskenderiye (Pagan) kültürünün gerileyiş ve düşüş tarihi anlatılmış olur. Bu yapılamaz; fakat zirvede olduğu dönemin Hıristiyanlıktan önce olduğu kesindir.