1256 vilının Ramazan-1 Şerif inde meydana gelen ilk yangin da, Mescid-i Nebevî’nin tamamı zarar görmüştü. Memlük sul tanı Baybars, hatıraları koruyarak mescidi 1260 yılında yeni den inşa etti. 1481 senesinde, Mescid-i Nebevi'nin kble istikametindeki Reisiye minaresine isabet eden yıldırım, ikinci bir yangina sebep oldu. Mescid, iki asır sonra tekrar yangınla karşı karşıya kalmisti. Memlük sultanı Kayitbay, Medine-i Múnevvere'deki ellm hadiseyi ögrenir ögrenmez gerekli tamirat için Semseddin bin Zemen'i vazifelendirdi. Yangın her yere zarar verdiği için Eşref Kayıtbay, mescidi baştan başa yeniletti. Bugün Mescid-i Ne bevi'de bu döneme ait az da olsa mimarî öğeler bulunur. Bäbu's Selâm'in kemer altı kitabesi, Mihrab-1 Nebî ve Hücre-i Saadet'in yeşil parmaklikları, Sultan Kayıtbay devri eserlerindendir