Asıl büyük felaket 1509 depremi oldu. 11 Eylül'de başlayan sarsıntılar aralıklarla birbuçuk ay sürdü. İstanbul ve Marmara bölgesinin bu en büyük felaketi, halkın tanımlamasıyla "Kıyamet-i suğra" (Küçük kıyamet) denerek tarihlere yazılmıştır. Kaynaklardaki sayılara göre Istanbul'da 109 cami, 1070 ev yerle bir oldu. Eğrikapı- Yedikule-İshakpaşa surları yıkıldı. Fatih Külliyesi, saray binaları ve surları büyük hasar gördü.