Ancak Mehmed bir konuda hoşgörüsüzdü. Gerçi bunun nedeni dinsel olmaktan çok siyasiydi anlaşılan. Tasavvufi hareketlere açıkça düşmandı. Bu hareketler on beşinci yüzyılın başında Osmanlı bölgelerine, Rumeli'ye ve hatta Arnavutluk'a dek yayılmıştı. Halktan büyük destek görüyorlardı ve belirgin bir siyasi nufuzları da vardı şüphesiz. Halktan sultanı kaygılandıracak kadar saygı görmelerinin nedeni, din konusunda aşırı uçlara kaymamalarıydı.