Bir ara Fatih medresesinde verilen dersleri saraya duyurmadan gizlice takip eder. Fıkıh, kelâm, Kur'an tefsiri, hadîs, Arapça ve Farsça derslerine gitmektedir. Arapça ile Farsça'nın gramerini gayet iyi öğrenmiş, ağdalı metinleri rahatça okuyup anlayacak seviyeye gelmiştir ama pratiği yoktur. Bu iki dili sadece okuyabilmekte konuşamamaktadır.
Fıkha ve öteki İslâmî bilgileri böyle derinlemesine girmesindendir ki padişahlığında bazı fetvalara doğrudan müdahale etme ve metinlerini değiştirme hakkını kendisinde bulmuş ve bunu yaparken Şeyhülislam'ın reddedemediği dini deliller ortaya koyabilmiştir.