1509'da 45 gün devam eden ve küçük kıyamet denilen yer sarsıntılarında Topkapı Sarayı'nın bazı bölümleri yıkılmıştı. Sultan 2. Bayezid'in yatak odasındaki tavan çökmüş, padişah birkaç saat önce buradan ayrıldığından kurtulmuştu.
1854'te Sultan Abdülmecid, Dolmabahçe sarayı'nı yaptırıp resmi sarayı buraya taşıyınca, Topkapı sarayı artık Mukaddes emanetlerin ve iç hazinenin korunduğu, belli günlerde padişah tarafından ziyaret edilen bir mekana dönüşmüştür. 3 Nisan 1924'te ise müze haline getirilmiştir.