Öte yandan, beynin bazı karmaşık deneyimleri ve bilinçsel süreçleri hala | tam olarak çözülememiştir. Ağrı, renk, ses, koku ve tat gibi duyusal algılar, sinirsel işleme rağmen subjektif deneyim olarak hala tam anlaşılamamıştır (Chalmers, 1995). Müzik deneyimi, beynin farklı bölgelerini etkileyerek karmaşık duygusal ve bilişsel tepkiler oluşturur ancak bu süreçlerin detayları hala araştırılmaktadır (Peretz ve Zatorre, 2005). Görsel imajların hatırlanması ve rüya görme, beynin hafıza ve bilinçaltı ile ilgili süreçleriyle ilişkilidir, ancak tam mekanizmalar bilinmemektedir (Hobson, 2009). Aşk, hoşlanma ve estetik beğeni gibi sosyal ve duygusal deneyimler nörobiyolojik temelleri ile karmaşık bir yapı arz eder (Fisher, 2004).
Benlik hissi, yani içimizdeki “ben” duygusu, öznel deneyimin temelidir ve nörobilimde hala önemli bir araştırma konusudur (Gallagher, 2000). Belleğin geri çağrılması, düşünce, öznellik ve özgür irade gibi kavramlar ise felsefi ve bilimsel açıdan hem zihinsel hem de fiziksel süreçlerin kesiştiği karmaşık alanlar olarak kabul edilir (Liber, 1985; Dennett, 1991).