Saatleri Ayarlama Enstitüsü iki uygarlık arasında bocalayan toplumumuzun yanlış tutumlarını, davranışlarını alaya alan eleştirel bir romandır. Kitap bölümlere ayrılmış bir şekilde karşımıza çıkıyor. I.bölüm Tanzimat öncesi dönemi, II. Bölüm Tanzimat Dönemini, III. ve IV. Bölüm ise Cumhuriyet Dönemi başları ve devamını yansıtıyor. Kitaptaki olaylar İrdalın gözünde anlatılmış. İrdal kitapta toplumun yarı içinde yarı dışında yaşayarak okura topluma farklı bir açıdan bakma olanağı sağlar.
Büyük Ümitler bölümünde İrdal'ı iki çevre içinde görüyoruz. Kendi aile çevresi ve babasının dostlarının çevresi. Bu iki çevrede de din ve hurafe, boş inançlar dikkatimizi çeker. Bu çevrenin özelliği bozulan mali durumu düzeltmek için büyü, tılsım gibi akıl ve bilim dışı şeylere güvenmeleridir. Bu dönem Tanzimat'tan önce Batıdaki bilimsel ve ekonomik gelişmelerden habersiz, dine yönelik, gerçekçi olmayan bir çağı simgeler.
Küçük Hakikatler romanda Tanzimat sonrasına ayrılan bölümdür. İrdal'ın savaştan döndükten sonra mutlu ilk evliliği ,başına gelen felaketler, karısının ölümü ve ikinci evliliğinin yer aldığı bu dönemde Şehzadebaşındaki toplumumuzun Tanzimat'tan sonra iki uygarlık arasında bocalayışını dile getiren kıraathane anlatılır. Sahibi yarı yerli yarı batılı görünüşüyle garip bir adamdır. Yani bu bölümde bir medeniyetten öbürüne geçmemizin ikililiği görülür. Yani zihniyet ikililiği karmaşası diyebiliriz.
İrdal tamamen işsiz ve yoksulluk içindeyken Ayarcıya rastlar ve yaşamında yeni bir dönem başlar. Herkesin horladığı, aşağıladığı İrdal Sabah Doğru başlığını taşıyan üçüncü bölümde Ayarcı'nın kurduğu Saatleri Ayarlama Enstitüsü'nde önemli bir mevkiye gelir. Bu bölüm Cumhuriyet Döneminin geçmişle bağlarını kopararak yeni bir Türk toplumu yaratmak çabasında düştüğü hataların hicvine