Artık üç veya daha fazla bakan tarafından imzalanmış kararnamelerin iptali için Danıştay' a başvurulmayacaktı. 1961 Anayasası, her idari işleme karşı o işlemden etkilenen memurlara Danıştay'a başvurma hakkı tanımıştı. Yürütme'ye hiçbir konuda mutlak takdir yetkisinin verilmediği, aksine Yürütme'nin her tasarrufunu hukuki bir zemine oturtması gerektiği bir İdare Hukuku sisteminde, Danıştay kamu çalışanları tarafından siyasetçilere karşı, özellikle siyasetçiler memurları başka görevlere tayin etmeye çalıştığında, siper olarak kullanı labilirdi ve kullanılmaktaydı. Ordu, Danıştay'ın sadece genel yetki alanına değil, ayrıca iç özerkliğine de sınırlamalar getirdi.
Cumhurbaşkanına, Danıştay'ın bütün önemli üyelerini atama yetkisi verildi. Danıştay' a karşı getirilen bu sınırlamaların nedeni, 1980 öncesinde Danıştay'ın da siyasallaşmış olduğu konusundaki kanı olmalıydı.