İlim konusunda üzerinde durulması gereken önemli bir nokta da ilmin irfân ile olan ilişkisidir. Geleneksel kabuller şimdiye kadar irfânın ilimden ve buna bağlı olarak ârifin âlimden daha üstün olduğunu söyleyen bir kanaat içinde olmuşlardır. Hâlbuki durum bunun tam tersidir. İrfân; bir şeyin izinden, işaretinden hareketle tefekkür ederek bilmektir. Allah'ı bilmeye ilim değil de mârifet denmesi, insanın ancak onu eserleri üzerinde düşünerek bilebileceği gerçeğine işaret içindir. İnsan, Allah'ı zâtıyla bilemez ki, o bilmeye ilim densin. Ona irfân denir; çünkü irfân noksan olan ilim için kullanılır. Yani, Allah'ı bilme konusunda ilim kelimesinin değil de irfân kelimesinin kullanılması, ilmin yetersizliğinden değil, irfânın yetersizliğindendir.