Tıp dilinde trepanasyon adı verilen baş deliği ameliyatı, kafatasının bir parçasının kazıma ya da kesme tekniğiyle çıkarılması işleminden oluşuyordu. Bu operasyonun amacı, beyne yerleştiği ve çeşitli hastalıklarla şiddetli ağrılara neden olduğu düşünülen kötü ruhların çıkıp gitmesini sağlamaktı. Böylece hastanın şifaya kavuşacağına ve dayanılmaz ağrılarından kurtulacağına inanılırdı.
Bugün dahi kimi ilkel kabilelerde rastlanan trepanasyon uygulamalarının 11-12 bin yıl geriye gittiğini ve dünyanın hemen her bölgesinde yaygın bir şekilde uygulandığını görmek şaşırtıcıdır. Daha da şaşırtıcı olan ise, bu ameliyatlardaki başarıdır. Büyük risk taşıyan bir işlem olmasına karşın, buluntulardan anlaşıldığına göre hastaların yaklaşık yarısı bu operasyonlardan sağ çıkmaktaydı.