Bosna-Hersek, Kosova ve Makedonya'da yabancı birliklerin varlığına duyulan ihtiyaç, etnik gruplar arasındaki ilişkilerde devam eden bir belirsizliğe ve tehlike potansiyeline işaret ediyor.
Miloşeviç dönemi ancak Ekim 2000'de sona erdi. Kitlelerin baskısı nedeniyle devlet başkanlığından istifa etmek zorunda kaldı. Başbakan Zoran Cinciç 1 Nisan 2001'de Miloşeviç'i tutuklattı ve Sırp tarihinin sembolik Aziz Vitus Günü (Vidovdan) olan 28 Haziran'da Lahey'deki savaş suçları mahkemesine teslim etti. Miloşeviç'le birlikte Güneydoğu Avrupa'da Stalinist yönetim yöntemlerini kullanan son yönetici de siyaset sahnesinden çekilmiş oldu. Tüm veçheleriyle -Alman nasyonal sosyalizmi, İtalyan faşizmi ve Sovyet Stalinizmi- Balkan halklarının kaderini uzun yıllar boyunca belirleyen 20. yüzyıl diktatörlükleri dönemi nihayet sona ermişti.
Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nde anayasa ve yönetim yetkisi konusundaki anlaşmazlıkların tırmanmasıyla eski Slovenya, Hırvatistan ve Makedonya cumhuriyetleri 1990-1991 yıllarında bağımsız olmaya karar verdiler. Slovenler Belgrad'ın pençesinden çabucak kurtulmayı başarırken, yetersiz donanıma sahip Hırvatlar ve Bosnalı Müslümanlar 1991-1995 arasında ve Kosova'daki Arnavutlar da 1998-1999 yıllarında Yugoslavya Halk Ordusu'nun cephaneliğinden faydalanan Sırp ordusuyla karşı karşıya gelerek kanlı bir kardeş savaşına girmek zorunda kaldılar. Her iki tarafta da eşi benzeri görülmemiş bir acımasızlıkla yürütülen savaşlara son verilmesini sağlayan şey NATO'nun 1995'te Bosna-Hersek'e (21 Kasım 1995 Dayton Antlaşması'yla) ve 1999'da da Kosova'ya (Birleşmiş Milletler Kosova Geçici Yönetim Misyonu) yaptığı büyük askeri müdahaleler oldu.
Tito'nun Yugoslavya'sında, iki savaş arası dönemde yaşanan korkunç deneyimlerden sonra uluslar hakkındaki anlaşmazlıklardan kamusal tartışmalarda bahsedilmesi tabulaştı. Tito da birleşik bir devlet fikrinin ateşli bir savunucusu hâline geldi. Aralık 1971'de milliyetçi yolsuzluklar nedeniyle Hırvatistan'daki tüm parti yönetimini değiştirdi. Sadece belirli konular söz konusu olduğunda ulus meselesine yaklaşımından taviz vermeye açıktı. 1946'da Makedonların ayrı bir ulus olduğunu kabul etti ve 1968'de Bosnalı Müslümanların kendi kurucu cumhuriyetleri olan Yugoslav federal devletinde bir ulusal grup olarak tanınmasına izin verdi. 1974 anayasanda öngörüldüğü üzere partinin ve bir bütün olarak devletin ihtiyatlı federalleşmesinin amacı, ulus sorununun yumuşatılması ve alt bölgelerde insanların kişisel çıkarlar peşinde koşmasını önlemekti. Tito öldükten (1980) sonra ülke denge sağlayacak bitünleştirici bir figürden yoksun kaldı.
İnsanlara asimile olmak veya göç etmekten başka bir seçenek bırakmayan Bulgarlaştırma tedbirleri, 1950'lerden itibaren Bulgaristan Müslümanlarının (Türkler ve Bulgarca konuşan Pomaklar) ve Müslüman kurumlarının sayısını ciddi şekilde azaltmıştı. Türk sorununu nihai olarak çözmek için 1984 yılında alınan idari tedbirler 300.000'den fazla Bulgaristan Müslümanının Türkiye'ye göç etmesine ve dünya çapında protestolara yol açtı.