1089 yılında Melik Şah Buhara' yı işgal etmiş, Sermerkand'e ele geçirmiş ve Şems el Mülk'ün yeğeni ve ikinci halefi Karahanlı Ahmed'i esir almıştı. O tarihten sonra Karahanlı prensleri Buhara ve Semerkand'da hüküm sürmüşlerse de, bu, Selçuklu kumandanları namı altında olmuştur. Artık Maveraünnehir Selçuklu Türk İmparatorluğu'nun basit bir vilayeti olmuştu.