Çağatay Türkçesi döneminde ilk hecede yaygın bir e > i değişmesi vardır (men - min, kel- ~ kil-). Birkaç kelimede p > f değişmesini göre-biliriz (toprak > tofrak, yaprak > yafrak). Önceki dönemlerdeki diş arası ḍ sesi y olmuştur (ked- > kiy-, adak > ayak). -AgU ses grubu -Av olmuştur (küdegü > küyev "güvey", biregü > birev). Birden çok heceli kelimelerin sonundaki ince ve kalın g'ler tonsuzlaşıp k olmuştur (ulug > uluk, ölüg > ölük). Aslında Batı Türkçesinde yaygın gördüğümüz t- > d- değişmesini Çağataycada birkaç örnekte görmek mümkündür (takı > dagı "dahi, ve” ti-> di-, teg > dik "gibi"