İsa Nəcəfov 28 mart 1952-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Şərur rayonunun Oğlanqala kəndində anadan olub. 1970-1972-ci illərdə Sovet Ordusunda hərbi xidmətdən keçib. 1979-cu ildə Azərbaycan Dovlət Universitetinin hüquq fakültəsini bitirib.
Əmək fəaliyyətinə 1979-cu ildən başlayan İsa Nəcəfov, həmin ildən 1993-cü ilədək Azərbaycan Respublikası Prokurorluq orqanlarında müstəntiq, mühüm işlər üzrə müstəntiq, prokuror köməkçisi, şöbə prokuroru, idarə prokuroru vəzifələrində İşləyib. 1993-cü ildən 1995-ci ilədək Naxçıvan Muxtar Respublikasının Prokuroru, 1995-ci ildən 2000-ci ilədək Azərbaycan Respublikası Baş Prokurorunun birinci müavini vəzifələrində işləyib.
22 mart 2002-ci ildə Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin Qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinin hakimi vəzifəsinə təyin edilmişdir.
06 aprel 2012-ci ildə Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin Qərarı ilə yenidən Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinin hakimi vəzifəsinə təyin edilmişdir.
İki kitab müəllifidir. Yaxın Şərqin və Yunanıstanın tanınmış filosofları: M.T.Siseronun, Platonun, Ə.H.Qəzzalinin, Eynəlgüzad Həmadinin, Əl- Fərabinin, Mənsur Həllacın, Sərrac Tusinin, Əl- Kindinin, İbn-Sinanın və b. ərəb, fars, yunan və rus dilində olan əsərlərinin azərbaycan dilinə tərcümə və nəşr olunmasını təşkil etmişdir.
Ailəlidir, iki övladı var.
10 iyul 2018-ci ildə Azərbaycan Respublikasının məhkəmə hakimiyyəti orqanlarında səmərəli fəaliyyətinə görə "Əməkdar hüquqşünas" fəxri adına layiq görülmüşdür.