Issız bir adaya bir grup çocuğun bulunduğu bir uçak düşer. Sayısı bilinmeyen bır grup çocuk, bulunana dek burada tek başlarına yaşamak zorundadır. İlk başta büyüklerden uzak olduklarından mutlu, tek başlarına rahat olacaklarını düşünürler.
İlk olarak Ralph ve Domuzcuk adında iki çocuk tanısır, denizden buldukları şeytanminaresi (denızkabuğu) ile tum çocukları toplarlar, denızkabuğunun sesi ile gücün ve sözün kendinde olduğunu gösteren Ralph şef seçilir ve asıl hikaye başlar.
Jack adında, bir grubun koro başkanı olan çocuk bu grubun şefı olmak ve şiddetle, ölümle her dediğini yaptırıp egemenlık sağlamaya çalışır -buradaki verilen mesaj Adolf Hıtler'ın yönetimidir-.
Ralph ve Domuzcuk bu egemenliğin altına girmek istemez, onlar için tek kurtuluş sureklı yanan bır ateş yakıp, geçen bir geminin ateşle onları fark etmesi sonucunda kurtulmayı beklemektir.
Bır sure Ralph ın şefliği devam eder bu kısımda okuyucu kitabın çocuklara hitap ettiğini düşünebilir. Mercan adası kitabındaki Britanyalı çocukların adadan kurtulma öyküsüne benzetilir. Bu kitap çevirmenin deyimiyle bir alegoridir. Simgesel anlamları olan bir öyküdür.
Domuzcuk, dönemin işçi sınıfının sembolu olmakla birlikte aklın, mantığın ve gerçekçiliğin bir yansımasıdır.
Ralph eşitliğe, özgürlüğe, dayanışmaya inanan bir önder sembolüdür.
Jack ise yönetme şeklı ile Hıtler'e benzetildiği gibi, genelde bir sonuç vermeyecek konusmaları, önder olamayacak cesaretsızlığını sakladığı, yüzlerini boyama ve vahşileşme gibi eylemleri ile faşistlere de sembol olmuştur.
(benliğini maskelemek)
Ralph'ın ve Domuzcuk'un iyiliği, Jack'ın kötülüğü insanların doğuştan kötü olduklarının savunulduğu sanılsa da, yazarın anlattığı insanların iç ve dış dunyasında kötülük ile iyiliğin çarpıştığına inanmasıdır.
Sineklerin Tanrısı ismi, Jack ve